而在徐渭的奏疏中还特地说明了在我海商李旦暗中支持德川家康的事情，他长期盘踞长崎，通过走私贸易建立起自己的武装船队和海盗集团，想要完全垄断大明、倭国、朝鲜、琉球等地的东海海贸，当第二个王直，这是朱载坖所不能容忍的。

李旦在长崎时，大肆招募流民和倭国浪人，以充实自己的海贼团，尤其是倭国浪人，这些人只会打仗杀人、悍不畏死，用这些浪人为他的走私船队护航，若非这次大明准备征讨德川家康，朝廷还注意不到他，对于这种人，朱载坖当然不会客气，一面晓谕督师南京大学士沈鲤，督促东南官府、海关、水师剿灭李旦的海上力量，决不允许李旦在海上作威作福，颁布赏格，能够擒斩李旦的，给官指挥使，赏银一万。

另一方面命令北洋水师提督陈璘督率水师，封锁倭国，除了大明朝廷和为朝廷运输物资的船只之外，任何其他船只不准接近倭国，违者一律予以击沉。

在严世蕃和王直等人的组织下，朝廷迅速征调各种物资和援兵，通过大连、天津和釜山向安东都护府补充各种物资和调集援兵。