是跨海作战，还是要主要以沿海省份为主，朱载坖和参赞军务大臣和阁部重臣们商量了之后，决定主要从辽东、山东、南直隶三省调发官军增援安东都护府，主要因为这三省都靠海，而且气候和倭国有相似之处。

朱载坖和重臣们商量之后认为，辽东官军在倭国颇为威名，但是辽东要承担防备女真和土蛮部的重任，不能过分削弱，只从辽东抽调一万官军，然后从山东和南直隶抽调两万官军，一共五万官军，到天津集结之后，渡海前往倭国，增援安东都护府。

没有想到朝廷征伐倭国的消息传开之后，浙江巡抚沈炼上疏，称浙江久被倭寇荼毒，听闻朝廷征讨倭国，两浙军民振奋，乞朝廷调两浙之兵征讨倭国，以报当日之仇。朱载坖略一思考之后，认为确实是应该让浙兵参战，命令从南直员额中减少五千，调浙江镇官军一万，一共五万五千人驰援安东都护府。

对于徐渭的倭国善后疏，朱载坖没有明发讨论，而是直接御批同意，命令徐渭相机实施即可，不必奏报。