按御史之外，还有负责粮秣、仓储的户部管粮郎中、管粮主事，由于大都护府的特殊性，原本应该由大理寺派出分司负责的刑狱工作，改由理藩院派出，负责对于属国的刑狱、外交工作。

同时还有和地方一样配置参议等官，一方面是作为大都护的幕僚，另一方向是作为都护府临时派遣分守、分巡等官之用，朱载坖命令吏部和都察院在选拔这些都护府属官的时候，要务必选拔德才兼备由年轻有为的官员，才能够担当重任。

新任吏部尚书杨巍向朱载坖推荐了枣强知县南宪仲，认为他就上任之后制定出关心百姓疾苦、兴利除弊的10项措施。主持修复旧县城，注意节支。为安定社会秩序，他严惩豪强，破获隐匿匪盗，审理疑难案件。已经连续三年考绩上等，理应予以拔擢，朱载坖命人将南宪仲的资料取来详细看过之后，特旨任命其为安东大都护府参议，负责大都护府的钱粮转运工作。

安东大都护府最重要的职能之一就是获取倭国的金银，所以不仅是户部要在倭国设立分司，少府监也要在倭国设立分支，负责倭国的货币流通兑换，金银转运等事宜。